Ева-03 появляется в сериале на очень короткое время. Боевая модель, разработанная в американском филиале NERV. По характеристикам близка к ЕВА-02. Служила конструктивной основой для создания нового поколения Евангелионов со встроенным двигателем С2. Она была захвачена ангелом-вирусом (тринадцатый ангел Bardiel) при транспортировке в Штаб-квартиру NERV.

Ева-03 стала 13-ым ангелом, и у NERV не осталось иного выхода, кроме как уничтожить Unit 03. Пилот, Тодзи Судзухара, потерял при этом руку и ногу.

О том, чья душа заперта в этом Евангелионе неизвестно ничего. Можно только строить предположения. Известно, что отец Тодзи работает на NERV, а его мать нигде не упоминается. Вполне возможно, что это - душа его сестры которую перевели в госпиталь NERV'а, и она долгое время находиться в коме (последствия изьятия души).